هجدهم تير سال 1309 ه ش شاهد تولد نوزادي بود كه بعدها در زمره عالمان مجاهد و خستگي‌ناپذير درآمد. خداي كريم به پدر و مادري مؤمن و خداجو، پس از پنج فرزند دختر، پسري عطا نمود. اين نوزاد را« فضل‌الله» نام نهادند. «ذلك فضل‌الله يوتيه من يشاء والله ذوالفضل العظيم، اين است فضل خدا كه به هر كه بخواهد مي‌دهد و خدا داراي فضلي بزرگ است.» پدر بزرگوار ش يكي از كسبه بازار بود كه علاوه بر كاسبي به كشاورزي نيز اشتغال داشت. «فضل‌الله» كم‌كم دوران كودكي را در دامن پرمهر پدر و مادر پشت سر گذاشت و در شش سالگي به مكتب رفت. پس از چندي حاج «غلامحسين» كه توانايي خواندن و نوشتن را نداشت، فرزند را به ياري طلبيده و از آن به بعد وي علاوه بر تحصيل به حساب و كتاب روزانه پدر نيز مي‌پرداخت. پس از طي دوران مكتب كه شش سال به طول انجاميد، «فضل‌الله» كه ديگر نوجواني پرشور و علاقه‌مند به تحصيل بود. به سبب جو مذهبي محلات و وجود عالمان برجسته در آن شهر، به تحصيلات حوزوي روي آورد. روايت اين بخش از زندگاني «فضل‌الل» از زبان خود وي شنيدني‌تر است:
« در شهر محلات در خانواده‌اي كاسب و كشاورز متولد شدم. پدر و مادرم بي‌سواد بودند. روي جو فرهنگي‌اي كه در آن موقع وجود داشت، نمي‌گذاشتند كه بچه‌ها به مدارس دولتي بروند. من در شش سالگي به مدرسه‌اي به نام ميرزا كه در واقع مكتب بود، رفتم. از لحاظ تعليم قرآن و معارف اسلامي و معلومات عمومي در حد همان مدارس دولتي مطالب را به ما ياد مي‌دادند. پس از آنكه شش كلاس درس خواندم، پدرم ميل داشت كه كمكش كنم و دفتر دستكي كه نياز داشت، برايش بنويسيم. هم درس مي‌خواندم و هم به پدر و مادرم كمك مي‌كردم. به مغازه، باغ و صحرا مي‌رفتم ولي خودم ميل داشتم كه درسم را ادامه دهم. ليكن به مدارس دولتي راه نداشتم. معمولاً در هر محيطي انسان وقتي چهره‌هاي متدين و وارسته را مي‌بيند به آنها علاقه‌مند مي‌شود و كشش و جاذبه آنها انسان را به آن سمت جذب مي‌كند. در محلات كه شهري مذهبي بود، تابستانها عده‌اي از مراجع تقليد مي‌آمدند. مرحوم آيت‌الله سيد محمد تقي خوانساري، مرحوم آيت‌الله صدر و حضرت امام (ره) چند سال تابستان تشريف مي‌آوردند. در اين شرائط ناگاه عشق و علاقه‌اي بر من مستولي شد كه بروم طلبه شوم. پدرم مخالف بود و من در كتابهاي دعا جستجو مي‌كردم كه ببين چه دعايي موجب مي‌شود كه حاجت انسان برآورده شود.
يادم هست كه در همان سال عمل ام داوود را به جا آوردم. سه روز روزه ماه رجب با همان اعمال خاص و حاجتم اين بود كه پدرم راضي شود تا من طلبه شوم. بالاخره روي همين عشق به طلبگي، يكي دو سال در همانجا، پيش اهل علم درس خواندم و در ضمن به پدر و مادرم كمك كردم.
مقدمات و قدري از سيوطي و حاشيه را نزد مرحوم آيت‌الله شهيدي و بعضي از علماي محلات خواندم. يك بار كه آيت‌الله سيد محمدتقي خوانساري به آنجا تشريف آوردند، نزد ايشان رفتم و با گريه و زاري گفتم كه مي‌خواهم طلبه شوم ولي پدرم راضي نمي‌شود. ايشان عموي مرا خواست و به وي گفت كه شما پدر ايشان را راضي كنيد، من هم ايشان را سرپرستي مي‌كنم.
عمويم توانست پدرم را راضي كند و من در سال 1324 عازم قم شدم. تازه چند ماهي از ورود آيت‌الله بروجردي به قم نگذشته بود كه من در آنجا مشغول تحصيل شدم. حاشيه و سيوطي را دوباره خواندم. حاشيه را نزد مرحوم حاج محمد آقا تهراني و سيوطي را نزد آشيخ عباس علي خواندم. معني را نزد آشيخ علي پناه اشتهاردي خواندم. در اين ايام سرپرست واقعي من مرحوم آيت‌الله محمد تقي خوانساري بود و به منزل ايشان رفت و آمد داشتم.»
در حاليكه بيش از پانزده بهار از عمر «فضل‌الله »نگذشته بود، حلاوت كسب علم و دانش وي را بر آن داشت كه از كانون گرم خانواده جدا شده و عازم شهر« قم» شود. از اين پس وي ديگر به صورت رسمي شروع به تحصيل دروس حوزوي نموده و به تكميل آنچه قبلاً در« محلات» آموخته بود، پرداخت. وي با دقت، سرعت، نظم و تلاشي ستودني به آموختن علوم اسلامي مشغول شد. مطول را نزد آيت‌الله «صدوقي»، معاني را نزد آيت‌الله «مطهري» و يك مقدار هم نزد آيت‌الله «مشكيني» فرا گرفت. بخش عمده شرح لمعه را نزد آيت‌الله« صدوقي» و مابقي را نزد حاج «اسدالله اصفهاني نورآبادي» خواند. با اتمام مقدمات و فراگيري سطح، ديگر وي را به نام شيخ فضل‌الله مي‌شناختند. وي در خاطرات خود به تفصيل در مورد ساير اساتيدي كه نزد آنان تلمذ نموده سخن مي‌گويد:
« بخشي از رسائل، مكاسب و كفايه را نزد آقاي سلطاني خواندم. قدري از مكاسب را نزد آيت‌الله شيخ مرتضي حائري و مقداري از كفايه را نزد شيخ عبدالجواد اصفهاني و مرحوم مجاهدي تبريزي خواندم. اين تقريباً درسهاي سطح من بود، البته كمي هم نزد آشيخ محمدعلي كرماني خواندم. منظومه منطق را خدمت اشيخ مهدي حائري بودم. تفسير را قدري نزد حاج ميرزا ابوالفضل قمي رفتم. مقداري نيز در درس تفسير علامه طباطبايي شركت كردم، تا رسيدم به درس خارج.
خارج را دو سه سال به درس مرحوم آيت‌الله بروجردي رفتم، ولي اصولاً درس خارج را نزد امام خواندم. درس خارج من حدود ده سال طول كشيد كه عمدتاً خدمت امام رفتم و هم فقه و هم اصول را پيش امام خواندم.»
او از شاگردان، مريدان و ياران امام‌خميني (ره) بود. او نسبت به امام شناختي عميق و ارادتي عاشقانه داشت. مجذوب جاذبه‌هاي اخلاقي و عرفاني امام (ره) شده بود. از دوران نوجواني با امام (ره) و خانواده‌اش آشنا بود و آن هنگام كه به قم عزيمت نمود، منزلي در مقابل منزل امام (ره) در محله يخچال قاضي قم خريد. ايشان خود در اين باره مي‌گويد:
« انس من با امام (ره) زياد بود و يكي از راههاي ارتباطي من با امام (ره) مرحوم حاج آقا مصطفي بودند كه با ايشان بزرگ شدم. در آن زمان ايشان هم سن و سال من و متولد 1309 بود. امام (ره) تابستان كه به محلات مي‌آمدند، حاج آقا مصطفي سيزده چهارده سالش بود. من هم سيزده چهارده ساله بودم. با هم به باغ و گردش مي‌رفتيم و از همان زمان با آقا مصطفي آشنا شدم. قم هم كه بوديم اين آشنايي باعث شد كه ما بتوانيم به منزل ايشان آمد و شد بيشتري داشته باشيم و انس بيشتري با ايشان پيدا كنيم. پدر زن من، مرحوم آيت‌الله شهيدي از دوستان امام بود. در محلات هم كه بودند امام بيشتر مي‌آمدند منزل ايشان، ارتباط خانوادگي هم داشتيم. در نتيجه انس زياد من به ايشان، علاقه من روز به روز به ايشان بيشتر مي‌شد. من در آن زماني كه به درس امام مي‌رفتم، بيش از همه وجهه اخلاقي و عرفاني ايشان براي من جاذبه داشت. من سالي كه به قم آمدم، ايشان درس اخلاق مي‌دادند؛ اصلاً از روز اولي كه به قم آمدم ايشان درس اخلاق مي‌دادند. اين قضيه يك سابقه‌اي داشت. ايشان به محلات كه تشريف آورده بودن،د يك ماه رمضان رأس ساعت پنج بعدازظهر مي‌آمدند و در مسجد جامع مي‌نشستند، مؤمنين هم مي‌آمدند و ايشان براي آنها درس اخلاق مي‌گفتند. همان درسهاي اخلاقي كه در كتاب اربعين حديث آمده است. يك مقدارش را هم استنتاخ كرده‌ام. جاذبه‌اي كه مرا به سوي درسهاي اخلاقي كه در سن چهارده سالگي در مسجد جامع آن مي‌نشستيم. در قم هم غروب روزهاي جمعه به مدرسه فيضيه تشريف مي‌آوردند و آن درس اخلاق را مي‌گفتند. واقعاً اين درس اخلاق انسان را از گناه بيمه مي‌نمود.»
مقام معظم رهبري حضرت آيت‌الله خامنه‌اي در رابطه با اين ويژگي شهيد محلاتي مي‌فرمايند:
« يكي ديگر از خصوصيات شهيد محلاتي عشق و ارادت وافر به امام (ره) بود. به قدري ايشان به امام علاقه داشت و اعتقاد به نظرات امام داشت كه هر موقع امام يك چيزي را بيان مي‌فرمودند، مثل يك امر تعبدي برايش لازم الاجرا بود.
اعتقاد و ارادت ايشان به امام به نظر من يكي از عوامل تحرك مستمر و خستگي‌ناپذير ايشان بود. امام هم به ايشان علاقه داشتند و خيلي احترام قائل بودند و به او محبت داشتند و به عنوان يك فرد مورد اعتماد به وي نظر مي‌كردند.»
در سال 1331 با نظر خانواده تصميم به ازدواج گرفت. در اين دوران كه وي مشغول فراگيري علوم اسلامي در شهر« قم» بود، عازم« محلات» شد و با دختر مرحوم آيه‌الله سيد «جلال شهيدي محلاتي» ازدواج نمود. مدتي در «محلات» ماند، سپس عازم« قم» شد. دو سال اول زندگي در« قم» را به همراه همسرش در منزل استيجاري گذراند تا اينكه موفق به خريد منزلي روبروي منزل امام (ره) در محله يخچال قاضي شد.
شهيد محلاتي در اوايل سال 1340 به عنوان نماينده آيه‌الله بروجردي عازم «تهران» شد و براي هميشه در آنجا اقامت گزيد. در «تهران» علاوه بر انجام امور تبليغي و نشر فرهنگ و معارف اسلامي به ادامه تحصيل خود نيز پرداخت. ايشان در خاطرات خود مي‌گويد:
« در سال 1339 و اوايل سال 40 بود كه به تهران آمدم. البته در تهران هم، درسم را ادامه دادم. مدتي به درسهاي آيه‌الله سيد احمد خوانساري مي رفتم. همچنين صبح زود به درس آيه‌الله آملي مي‌رفتم و در مدرسه مروي هم با آقاي انواري و بعضي از دوستان ديگر مباحثه داشتيم. گاهي هم به درس آقاي آشتياني مي‌رفتم. البته اسفار را هم نزد آقاي رفيعي خواندم. آقاي رضي شيراز بود، آقاي مهدوي بود، آقاي جوادي بود و عده‌اي ديگر و ضمناً درس خصوصي هم در مدرسه مروي خدمت‌آقاي مطهري داشتيم كه بخش سفر نفس از اسفار را نزد ايشان خوانديم. در سطح نيز مدتي با شهيد قدوسي مباحثه مي‌كردم. با آيه‌الله محمد تقي كشفي بروجردي، آقاي شيخ مهدي قاضي و آقاي سيد هاشم رسولي هم مباحثه مي‌كردم.»
مراوده و همنشيني با شخصيتهاي برجسته و ظلم ستيزي چون امام‌خميني (ره)، مرحوم آسيد محمد تقي خوانساري و شهيد نواب صفوي باعث گرديد تا شهيد محلاتي از ابتداي جواني سري پرشور داشته و پيوسته در مقابل ستمگران ايستادگي نموده و سرتعظيم فرود نياورد. از اين جهت است كه مي‌بينيم اولين برگ از پرونده سياسي او در ابتداي جواني درمخالفت با آوردن جنازه رضاخان به« قم »رقم مي‌خورد. ايشان وجود چنين روحيه‌اي را در خود نتيجه حشر و نشر و ارتباط با بزرگاني كه نام آنها به قلم آمد، مي‌داند. وي در خصوص آيه‌الله خوانساري چنين مي‌گويد:
« مرحوم آيه‌الله محمدتقي خوانساري داراي روحيه‌اي فداكار و مبارز بود و در جنگ عراق و انگلستان به همراه مرحوم آيه‌الله كاشاني- در زمان ميرزاي شيرازي- شركت كرده و مرد بسيار باتقوايي بود. به مبارزه هم معتقد بود. در نتيجه من اين روح مبارزه را در درجه اول از ايشان گرفتم.»
در جاي ديگر شهيد نواب را نيز مؤثر مي‌داند:
« اينجا بايد بگويم كه مرحوم نواب صفوي يك حق بزرگي به گردن من دارد و آن اين است كه اين روحيه را او به من داد؛ يعني او بود كه با تأثير نفسي كه داشت، با هر كسي برخورد مي‌كرد و با او مأنوس مي‌شد، نه تنها او را شجاع‌بار مي‌آورد بلكه آن چنان تحولي در آدم به وجود مي‌آورد كه در رابطه با انجام وظيفه از هيچ چيز وحشت نداشته باشد.»
چندي پس از ورود به قم از طريق مرحوم آيه‌الله «سيد محمدتقي خوانساري »با فدائيان اسلام ارتباط يافت و به طور مشخص در سال 1327 ش به جرگه آنان پيوست. ايشان در اين‌باره مي‌گويد:« يكي دو سال كه قم بودم و منزل آسيد محمدتقي خوانساري آمد و شد داشتم، با مرحوم نواب صفوي آشنا شدم. مرحوم نواب صفوي نفس عجيبي داشت كه با هر كس انس پيدا مي‌كرد، در او يك حالت روحي خاصي پديد مي‌آمد. اشخاص را خيلي تشجيع مي‌كرد و جاذبه داشت. روي همين جاذبه مرا هم به خودش جذب كرد و من چند سالي با فدائيان اسلام همكاري مي‌كردم و در كنار درسي كه مي‌خواندم مبارزه را هم شروع كردم.
اولين برنامه مبارزه من كه همگام با فدائيان اسلام بود، مبارزه با آوردن جنازه رضاخان به ايران بود. شاه نه تنها مي‌خواست حكومت خودش را تثبيت كند بلكه مي‌خواست افكار پدرش را هم زنده كند. بنابراين فدائيان اسلام به مبارزه برخواستند و طبق جلساتي كه محرمانه داشتيم، تصميم گرفتيم فجايع رضاشاه در مدرسه فيضيه بيان شود. قرار شد غسل شهادت بكنيم. نفرات تعيين شده به ترتيب عبارت بودند از: سيد هاشم حسيني كه قرار شد او اول برود روي سنگ مدرسه فيضيه بايستد و صحبت كند. يك اعلاميه مجملي هم در قم پخش شد به اين مضمون كه در ساعت پنج بعد از ظهر فردا خورشيد روحانيت نورافشاني مي‌كند. آن روز را همگي روزه گرفتيم. نفر اول سيد هاشم بود، من نفر پنجم ششم بودم. سنم شايد هجده سال بود. سر ساعت پنج كه شد، او رفت روي سنگ ايستاد و شروع كرد به بيان فجايع دوران رضاشاه كه يك عده‌اي هم سر و صدا كردند. متولي وقت آمد جلوي ايشان را بگيرد، ولي مطلب روشن بود كه چه مي‌خواهند بگويند و مبارزه شروع شد. به اين ترتيب هر روز در مدرسه فيضيه يك نفر صحبت مي‌كرد و طلبه‌ها جمع مي‌شدند. كار به جايي رسيد كه با تهديدهايي كه كرديم- هنگام عبور دادن جنازه از خيابانهاي قم- از معممين حتي يك نفر حاضر نشد در خيابان باشد. براي رژيم خيلي آبروريزي شد. براي او كه فاتحه گرفتند، از طرف دولتيها يك نفر رفت سخنراني كرد. طلبه‌ها فوري عمامه‌اش را برداشتند و كتكش زدند و مخصوصاً از حوزه بيرونش كردند تا اينكه نيروهاي شهرباني از ديوار آمدند و از دست طلبه‌ها نجاتش دادند و بعد من و رفقايم را دنبال كردند. هرجا كه مي‌رفتيم مأموران آگاهي قم دنبال ما بودند و پرونده و سابقه سياسي من اولين برگه‌اش از همانجا شروع شد.»
حجه‌الاسلام سيد علي اكبر محتشمي در خاطرات خود در اين باره مي‌گويد:
« وقتي خبر انتقال جنازه رضاخان به گوش نواب مي‌رسد، به سوي قم حركت مي‌كند. در آنجا بعد از درس آيت‌الله بروجردي در مدرسه فيضيه شروع به سخنراني مي‌كند و از مظالم و جنايات رضاخان سخن مي‌گويد. او اظهار مي‌كند: « ارواح شهداي ما منتظر آن روزي هستند كه بتوانيم انتقام خون آنها را حداقل از بازمانده او بگيريم؛ اين كار را نكرديد هيچ، ناظر آوردن جنازه او هم باشيم!! و ادعا كنيم سرباز امام زمان (عج) هم هستيم... » پس از اين سخنراني به تهران بر مي‌گردد. بچه‌ها هر روز كارشان اين بود كه عليه شاه و دودمان پهلوي سخنراني و تظاهرات مي‌كردند. سيد عبدالحسين واحدي آقا سيد هاشم حسيني و شيخ فضل‌الله محلاتي كارگردان اين برنامه‌ها در قم بودند.»
رژيم اشغالگر قدس پس از جنايات فراوان در سرزمينهاي اشغالي و ماجراي ديرياسين، در سال 1949م از طرف بيشتر كشورها به رسميت شناخته شد و در همان سال به عضويت سازمان ملل متحد درآمدو پنجاه و نهمين عضو سازمان ملل شد. رژيم شاه هم كه تحت سيطره آمريكا قرار داشت، به بهانه حفظ حقوق اتباع ايراني مقيم اسرائيل در اسفند ماه 1328 رژيم صهيونيستي را به رسمت شناخت. اين اقدام رژيم شاه از طرف فدائيان اسلام محكوم و به شدت مورد انتقاد قرار گرفت. شهيد محلاتي در توضيح اين ماجرا مي‌گويد:
« مرحوم نواب يك روز بعد از ظهر در مدرسه فيضيه سخنراني كرد و گفت: اگر مي‌خواهيم اسرائيل را ساقط كنيم بايد از تهران شروع كنيم، يعني بايد اول رژيم پهلوي را از بين ببريم تا بتوانيم با اسرائيل بجنگيم. وقتي شهيد نواب ازمدرسه خارج شد او را دستگير كردند و يارانش را هم تعقيب كردند. ولي ما با سر و صدا و تظاهرات، طلبه‌هاي جوان و داغ را جمع كرديم و رفتيم منزل مرحوم آيت‌الله خوانساري و گفتيم كه ما مي‌خواهيم برويم به كمك فلسطينيها و به جنگ اسرائيل. يادم هست كه آنجا دفتري آوردم و شروع كردم به اسم‌نويسي كه برويم به جنگ اسرائيليها. ولي خوب صدايمان به جايي نرسيد و ما را تعقيب كردند و دستگير كردند و زدند.»
شهيد« محلاتي» به جهت ارتباط با فدائيان اسلام با آيه‌الله« كاشاني» نيز آشنا شد و پس از بازگشت آيه‌الله «كاشاني» از تبعيد، خود را به ايشان معرفي نمود. رفت و آمد و ارتباط با ايشان كم كم فزوني يافته تا حدي كه شهيد «محلاتي» به عنوان نماينده ايشان مأموريت يافت تا به شهرهاي مختلف سفر كند. از جمله اين مأموريتها سفر به« آذربايجان» و انتخابات دوره هفدهم بود كه شرح آن را از زبان خود ايشان نقل كنيم:
« در جريان انتخابات دوره هفدهم كه روابط آيت‌الله كاشاني با مصدق هنوز خوب بود، به آذربايجان رفتم و چهارماه در آذربايجان ماندنم و به عنوان نماينده از طرف ايشان مأمور شدم در انتخابات شركت كنم. من مقلد مرحوم سيد محمدتقي خوانساري بودم و ايشان اعلاميه دادند كه در انتخابات شركت كنيد. از مرجعمان مجوز شرعي داشتم. من در آنجا هم منبر مي‌رفتم و هم درباره انتخابات و مسائل مربوط به آن مبارزه مي‌كردم. هفده روز يا بيشتر در مسجد جامعه تبريز من به زبان فارسي سخنراني كردم و يكي از آقايان هم به نام سيد مرتضي موسي به زبان تركي و از راديو پخش مي‌شد. بيست و پنج روز در سراب مبارزه كردم تا بهادري را از آنجا بيرون كرديم. به اردبيل، مشكين‌شهر، مراغه و شهرهاي مختلف آذربايجان رفتم و سخنراني كردم تا انتخابات دوره هفدهم تمام شد. دو گروه در آنجا مبارزه مي‌كردند. تيپ جبهه ملي و آيه الله كاشاني نقطه مقابل سلطنت‌طلبها بودند. در انتخابات تبريز نه نفر وكيل مي‌خواستند كه پنج نفر از ما انتخاب شد، چهار نفر از آنها. اينها ناراحت شدند و روز بعد از رأي‌گيري سلطنت‌طلبها ريختند توي مسجد جامع. رئيس شهرباني وقت سرتيپ نخعي و فرمانده لشگر سرلشكر مقبلي بود. اينها سلطنت‌طلبها را مسلح كرده بودند و ريختند توي مسجد و آنها آمدند براي كشتن من و شروع كردند به تيراندازي به طرف من. من افتادم روي زمين كه تير به من نخورد. يك عده از مردم فرار كردند، يك عده ديگر دور مرا احاطه كردند و به مقابله برخاستند. هدف آنها من بودم. الحمدلله خدا نخواست و سالم ماندم و مرا از نقطه‌اي فراري دادند.»
از ميان اسناد موجود در اين رابطه، تنها به سندي كه حاوي گزارش سپهبد يزدانپناه، وزير جنگ به نخست‌وزير است، اشاره مي‌كنيم:
« جناب آقاي نخست‌وزير محترماً رونوشت گزارش تلگرافي فرمانده لشگر 3 تبريز راجع به سخنراني محلاتي نام در مسجد جامع تبريز كه نسبت به مقام سلطنت و عمليات دولت بدگويي و اهانت‌هايي نموده. ضمناً نامبرده را نماينده آقاي كاشاني معرفي نموده‌اند. براي مزيد استحضار خاطر عالي به پيوست تقديم مي‌گردد و تصديق افزا مي‌گردد بالأخره اشخاصي كه به ولايات رفته و براي اجراي مقاصد سوء، خود را نماينده و فرستاده آقاي كاشاني معرفي مي‌نمايند، معلوم نيست مقصود و هدفشان چيست و آيا واقعاً از طرف كاشاني فرستاده مي‌شوند و يا به نام ايشان مي‌خواهند جلب توجه نموده و رفتار و كردار ناپسند خود را تحميل به اهالي نمايند و در اين مقوع حساس كه تمام اوقات دولت معروف به حسن جريان انتخابات مي‌باشد كه به صورت خوش خاتمه پذيرد، عدم جلوگيري از رفتار و گفتار اين قبيل اشخاص بيشتر باعث تشنج و تهييج افكار عامه شده و موجبات عدم امنيت را فراهم مي‌نمايد و عاقبت كار معلوم نيست چه خواهد شد. عليهذا مستدعي است امر فرمايند به طور كلي در اين مورد تصميمات مقتضي اتخاذ گردد تا از اين گونه جريانات به طور مطلوب جلوگيري به علم آيد.
وزير جنگ- سپهبد يزدانپناه
در اواخر سال 1331 حزب توده دست به ماجراجويي جديدي حول محور فردي به نام سيد علي‌اكبر برقعي زد كه نهايتاً منجر به درگيري و حمله پليس به مردم و طلاب حوزه علميه شد. شهيد محلاتي تفصيل اين ماجرا را در آخرين مصاحبه خود بيان نموده است:
« يك آقايي به نام سيد علي‌اكبر برقعي بود كه مشاعرش هم خوب كار نمي‌كرد. از كساني بود كه شعار صلح مي‌داد و توده‌اي‌ها را تقويت مي‌كرد و گروههاي چپ‌گرا در قم دور او بودند و از طرف دولت مصدق هم آزادي داشت. اين فرد به كنفرانس صلح وين رفته بود. در موقع مراجعت توده‌اي‌ها و چپي‌ها و ملي‌گراهاي آن روز به استقبالش رفتند و يكسره او را به حرم آوردند. وقتي وارد حرم شدند، شروع كردند به تظاهرات و چند نفري شعار عليه اسلام، قرآن و آيه‌الله بروجردي دادند. حالا آنها مأمور بودند يا غيره، نمي‌دانيم ولي اين بار باعث شد كه احساسات مردم برانگيخته شود و در آن زمان من يكي از آنها بودم كه رفته بودم بالاي ديوار همين جلوي صحن و سخنراني كردم. مرحوم تربتي هم سخنراني كرد. بعد هم جلوي در فرمانداري مردم را تحريك كرديم. حرف ما اين بود كه برقعي بايد برود بيرون، ما مي‌گفتيم فرماندرا بايد جواب بدهد. جواب ندادند، مردم عصباني شدند، آنها گاز اشك‌آور انداختند كه مردم را پراكنده كنند و درگيري شهرباني با مردم و طلاب آغاز شد. روز قبلش هم يك نفر كشته شده بود كه بردند براي دفن و عده‌اي هم مجروح شدند، ولي شايع بود كه عدة زيادي كشته شدند. البته يك نفر به نام سرتيپ مدبر از طرف دولت مصدق براي رسيدگي به اين مسئله آمد و جاها را براي كشف جنازه‌ها بررسي كردند. رفتيم منزل آيت‌الله بروجردي و چند تا از مخبرين هم از تهران آمدند و يك مصاحبه‌اي هم از من در روزنامه ترقي آن موقع چاپ شد.
وقتي رفتيم پيش مرحوم آيت‌الله بروجردي، ايشان فرمودند: برويد پيش آقاي خميني، برويد پيش ايشان. من اينها را بردم منزل آيت‌الله خميني و در آنجا ايشان مسائلي را مطرح كردند كه اين قصه بايد رسيدگي شود و بعد هم من مصاحبه كردم. به هر حال چند روز تظاهرات بود و همان موقع سيد علي‌اكبر برقعي را هم به يزد تبعيد كردند. البته آن موقع نمي‌دانستيم بعضيها به كجا و كي وابسته بودند، ولي من الان كه مطالعه مي‌كنم مي‌فهمم الان تحليلم غير از دركمان در آن موقع بود، آن موقع ما يك ظاهري را مي‌ديديم، اما باطنش چيز ديگري بود. يعني ممكن بود بسياري از آن افرادي كه در لباس توده‌اي‌ها شعار مي‌دادند، اينها واقعاً انگليسي باشند يا آمريكايي. آن موقع ما طلبه‌هاي جوان و داغ بوديم، كسي به قرآن اهانت كرده، به آقاي بروجردي اهانت كرده، ما هم مي‌گفتيم پدر اينها را در مي‌آوريم.»
در تاريخ 16 مهرماه 1341 خبر تصويب لايحه انجمنهاي ايالتي و ولايتي در هيئت دولت در روزنامه منتشر شد. به موجب اين لايحه قيد اسلام از شرائط انتخاب‌كنندگان و انتخاب‌شوندگان برداشته و در مراسم تحليف به جاي قرآن‌كريم، كتاب آسماني قرار داده شده بود. پس از رسيدن روزنامه‌ها به قم، مراجع و مقامات روحاني از جمله امام‌خميني (ره) همان شب جلسه‌اي در منزل آيت‌الله شيخ مرتضي حائري تشكيل دادند و به بحث و تبادل نظر پرداختند. در نتيجه هر يك از مراجع تلگرافي به شاه مخابره كردند. شاه در پاسخ تلگرام مراجع، موضوع را به نخست‌وزير و دولت محول كرد. شهيد محلاتي در خاطرات خود پس از نقل واقعه انجمنهاي ايالتي و ولايتي به نقش خود در اين ماجرا اشاره مي‌كند:
« پس از ارجاع موضوع به نخست‌وزير، امام‌خميني (ره) يك تلگراف و يك نامه هم براي اسدالله علم نه به عنوان نخست‌وزير، بلكه آقاي اسدالله علم فرستادند و بايد بگويم كه آن تلگراف را به من دادند و من كارم ديگر از همان موقع شروع شد كه رابط بين ايشان بودم و آقايان قم. در اين مبارزه نوعاً اعلاميه‌ها را از ايشان مي‌گرفتم و به تهران مي‌آوردم. در تهران يك ارگان مخفي داشتيم كه در رأسش مرحوم حاج حسين آقا مصدقي در بازار بود ايشان كاغذ فروش بود و با چاپخانه‌ها ارتباط داشتند. من اعلاميه‌ها را مي‌آوردم و به حاج حسين آقا مصدقي مي‌دادم و آقاي مصدقي هم مي‌برد براي چاپ. بعضي اوقات شب تا صبح در چاپخانه بوديم. يك شب هم همان اعلاميه‌هاي خطاب به اسدالله علم را چاپ مي‌كرديم. يادم هست كه پليس آمد و چاپخانه‌چي فوراً با چكش به جان ماشين چاپ افتاد. گفتند: چكار مي‌كنيد؟ گفت: من بدبختم، من بايد فردا كار كنم و ماشين خراب است، دارم ماشينم را درست مي‌كنم. مأمور آمد نگاه كرد و در را بست و برگشت. در را باز از پشت قفل كرديم و شروع كرديم به چاپ كردن اعلاميه امام كه پس از توزيع خيلي صدا كرد. ايشان مي‌فرمودند: وعاظ را جمع كنيد. ما هم اعلاميه‌هاي ايشان را چاپ مي‌كرديم و هم كار من اين بود که ما وعاظ را دعوت مي‌كرديم و پيغامهاي ايشان را به آنها مي‌داديم. گاهي که ايشان اعلاميه‌اي مي‌نوشتند، مي‌آورديم كه در منبر خوانده شود و خوانده مي‌شد. حتي در مسجد ارك جلسه‌اي بود که اگر شما آن اعلاميه را ديده باشيد، يك اعلاميه تندي بود كه آخر هم الم تر كيف بود و آقاي فلسفي روي منبر گفت: اين را دم بدهيد. همه دم دادند، به هر صورت اين مبارزه اوج گرفت و پيروز شد. در قضيه انجمنهاي ايالتي و ولايتي، دستگاه حاكم آنقدر وحشت كرده بودند كه وقتي دولت تصويب‌نامة انجمنهاي ايالتي و ولايتي را لغو كرد، متن آن اعلاميه را كه در مورد الغاي آن تصويبنامه مي‌خواستند منتشر كنند، پيش ازچاپ به من دادند. من رفتم قم و آن را به امام نشان دادم. امام آنرا خواندند، در حالي كه روزنامه‌ها هنوز چاپ نكرده بودند، بعد تلفني براي آقايان ديگر هم خواندند و گفتند خوب است. ديگران هم قبول كردند، آنوقت در روزنامه‌ها چاپ شد.»
در 19 دي 1341 يعني 30 روز پس از اعلام خبر تصويبنامه انتخابات انجمنهاي ايالتي و ولايتي شاه برنامه رفرم خود را با نام «اصول ششگانه انقلاب سفيد» اعلام كرد و به رفراندوم گذاشت. اين برنامه در واقع همان طرح امپرياليستي « اتحاد براي پيشرفت» بود كه كاخ سفيد، اجراي آن را در كشورهاي توسعه نيافته، از جمله ايران در نظر گرفته بود و آن را مانع بزرگي براي نفوذ كمونيسم مي‌دانست. امام خميني (ره) تنها شخصيتي بود كه با هوشياري خاص خود دريافتند هدف شاه از طرح رفراندوم، تحكيم سلطه آمريكا و كاهش فشارهاي مردمي عليه رژيم است، از اين رو بار ديگر با علما و مقامات برجسته روحاني درباره لوايح ششگانه به گفتگو پرداختند و نقشه‌هاي شاه را تشريح كردند. شهيد محلاتي در ماجراي لوايح ششگانه با شركت در جلسات متعدد به هماهنگي و انسجام ميان روحانيون پرداخته و تمام سعي خود را براي اجراي دستورات امام خميني (ره) به كار بست:
« در جريان لوايح ششگانه پس از نشست برخي از علماي تهراني با اسدالله علم، مرحوم آيه‌الله بهبهاني مرا خواستند و گفتند: شما به قم برويد و به آقايان در آنجا بگوييد كه اقدام كنند. من رفتم قم خدمت امام، ايشان گفتند: برويد به آقايان ديگر هم مذاكره كنيد. من نزد آقايان گلپايگاني، نجفي و شريعتمداري رفتم و با آنها صحبت كردم و قرار شد ترتيب جلسه‌اي در منزل آقاي شريعتمداري داده شود و بعد من نتيجه را به علماي تهراني اعلام كنم. شب جلسه تشكيل شد؛ مرحوم داماد و آقاي حائري هم آنجا بودند. جلسه چند ساعتي طول كشيد، بعد مرا خواستند و گفتند: ما در اصل مطلب حرفي نداريم وليكن راه قانوني را شما عرضه كنيد تا مطالعه شود. امام از اساس، مخالف مطرح كردن اصلاحات ارضي بودند. مي‌فرمودند: براي اينكه، اينها تمام رعيتها را عليه روحانيت مي‌شورانند، كارگرها را عليه روحانيت مي‌شورانند، چون يك ماده‌اش راجع به كارگرها بود، يك ماده‌اش راجع به رعيتها و تمام زنها را عليه ما مي‌شورانند. ما با ديكتاتوري شاه مخالفيم و شاه نبايد در رفراندوم دخالت كند. اين حق شاه نيست و اين تجاوز به قانون اساسي است. خلاصه اينها را به من گفتند: به آقايان بگوييد در عين حال روي اين مسئله مطالعه كنند كه محور مبارزه با شاه چه باشد. امام در آن جريان فرمودند: من اميدي به اين آقايان ندارم. بعد از جلسه من تا خانه ايشان را همراهي كردم. در بين راه امام فرمودند: من اين دفعه با شاه طرفم، مي‌دانم اگر اقدام كنم مرا تنها مي‌گذارند و عقب مي‌كشند... ما رفتيم تهران و موضوع را به آقايان گفتيم، ديديم كه آنها هم همان وحشت را دارند و مي‌ترسند. امام هنوز اعلاميه نداده بودند تا اينكه جلسه‌اي كه در خانه آيت‌الله بهبهاني ترتيب داده شده بود و آقاي فلسفي سخنراني كرد. بعد كه از خانه بيرون آمدند، پليس هجوم آورد. بعد قرار شد عصر جلسه در مسجد سيد عزيزاله باشد و به دستوري كه از قم داده بودند، قرار شد راجع به اصلاحات ارضي هيچ نگويند و در آنجا متأسفانه دو ماده تنظيم شده بود كه به عنوان قطع‌نامه آقاي فضل‌الله خوانساري خواند. يك ماده‌اش راجع به اصلاحات ارضي بود. بعد هم جلسه تمام شد. من آن روز همراه آقاي خوانساري بودم. پليسها ريختند و مردمي كه شعار مي‌دادند، مورد ضرب و شتم قرار گرفتند. حتي عباي آقاي خوانساري از دوششان افتاد و نعلين از پايشان درآمد و ايشان بدون عبا و نعلين به طرف منزل رفتند. اين جسارت به آقاي خوانساري شد و امام فرمودند: ديگر وظيفه ما دفاع از روحانيت است و امام اعلاميه داد. اعلاميه شديدي كه من آن اعلاميه را گرفتم و آوردم و چاپ كرديم. تا اينكه ائمه جماعت جمع شدند و مبارزه اوج گرفت.»
بدنبال اعلاميه امام (ره) مردم در طول روز سه‌شنبه دوم بهمن و روز بعد به تظاهرات خود ادامه دادند. در اين روز دانشجويان دانگشاه فعاليت چشمگيري داشتند. عصر روز سوم بهمن، دهها نفر از روحانيون تهران در منزل آيت‌الله غروي اجتماع كردند. ليكن اين اجتماع نيز توسط نيروهاي رژيم شناسايي و درهم كوبيده شد و كليه روحانيون از جمله شهيد محلاتي را پس از ضرب و شتم سوار كاميون كرده و روانه زندان ساختند. پس از دستگيري شعبه هفت بازپرسي دادستاني ارتش قرار بازداشتي به شرح ذيل صادر نمود:
« درباره غير نظامي فضل‌الله فرزند غلامحسين شهرت مهديزاده به اتهام اقدام برضد امنيت داخل مملكت در تاريخ 4/11/41 قرار بازداشت موقت صادر گرديده است. با تقديم عين پرونده مقرر فرمايند قرار صادره را به رؤيت متهم رسانيده و پرونده را پس از تكميل اعاده دهند.»
شهيد محاتي در خاطرات خود درباره اولين دستگيري خود مي‌گويد:
« اولين باري كه من دستگير شدم در قضيه ششم بهمن سال 41 در قضيه رفراندوم بود. ما در آن زمان مرتباً جلساتي داشتيم. هم جلسه وعاظ و هم جلسه ائمه جماعت داير بود و من در هر دو جلسه شركت مي‌كردم. اعلاميه مي‌گرفتيم، چاپ و پخش مي‌كرديم و من كه مسئول اين كار بودم و با چاپخانه‌ها در ارتباط بودم لازم بود در هر دو جلسه شركت كنم. صبح يك روز، در منزل مرحوم آقاي سيد احمد لواساني جلسه‌اي داشتيم و قرار شد كه بعد از همان روز، جلسه در منزل آيت‌الله غروي كاشاني داير باشد. من با يك عده‌اي از آقايان علما، عصر آنجا بوديم. ناگاه سرهنگ طاهري كه آدم خشن و خبيثي بود و خيلي هم مرا اذيت كرد با يك سرهنگ ديگر از ساواك ريختند در آن خانه و ما را گرفتند و به قزل قلعه بردند.»
رژيم شاه پس از برگزاري رفراندوم به اصطلاح انقلاب سفيد چون به زعم خود كار را تمام شده ديد، اقدام به آزادي روحانيون دربند از جمله شهيد محلاتي در تاريخ 8/11/41 نمود.
بامداد روز دوم فروردين سال 1342 كه با 25 شوال 1382 سالگرد شهادت حضرت امام جعفر صادق (ع) مصادف بود، ناگهان دهها دستگاه اتوبوس شركت و احد وارد شهر قم شد. چند ساعت بعد كاميونهاي نظامي حامل سربازان مسلح و مجهز به مسلسلهاي سنگين به قم رسيدند و به مانور در خيابانهاي شهر پرداختند. بعد از ظهر آن روز مجلس سوگواري در مدرسه فيضيه برقرار بود. كاميونهاي نظامي اعزامي از تهران، مقابل مدرسه فيضيه مستقر شدند. حركات مرموز برخي از حاضرين، كه بدون ترديد از طرف ساواك مأموريت داشتند، باعث ايجاد تشنج در مجلس و قطع سخنان گوينده شد. در همين زمان، گروهي از اشرار ناگهان به مردم حمله كردند و جمعي را مجروح ساختند. در پي اين حادثه، نيروهاي اعزامي و مأموران شهرباني نيز با هجوم وحشيانه به مدرسه فيضيه دهها نفر را شهيد و مجروح كردند. شهيد حجه‌الاسلام محلاتي در زمان وقوع حادثه در قم حضور نداشت ولي در روزهاي بعد، در منزل امام خميني (ره) حضور يافته و به انجام وظائف محوله از سوي امام (ره) پرداخت:
« در جريان حمله به مدرسه فيضيه من در تهران بودم، وقتي كه همان شب يا فردا شب به قم رفتيم، ديديم كه عده‌اي از دوستداران امام آمده‌اند كه ايشان را مخفي كنند. امام فرمودند: همه‌تان برويد بيرون، من از جايم تكان نمي‌خورم.
من رفته بودم قم، بعد مي‌خواستم به خاطر كاري به محلات بروم؛ حالا يادم نيست چه كاري داشتم. امام فرمودند: زود برگرديد و اعلاميه‌اي را كه مي‌نويسم، ببريد و چاپ كنيد. يك تلگراف تسليتي علماي تهران نوشته بودند. گفتند: جواب تلگراف است. من فردا قدري دير مي‌رسم. ديدم ايشان اعلاميه را نوشته‌اند و داده‌اند به فرد ديگري و بعد فرمودند به تهران برو و آنرا بگير. به امام عرض كردم، مضمون اعلاميه چيست؟
فرمودند: به شاه بر مي‌گردد. پرسيدم: اسمش را در اعلاميه آورده‌ايد؟ ايشان فرمودند: بله. همين اعلاميه «شاه دوستي يعني غارتگري» خطاب به آقاي سيد علي‌اصغر خوئي كه پيرمردترين عالم بود. چون مرسوم نبود كسي به شاه حمله كند، به ايشان گفتم: آقا خطرناك است! همان‌طور كه چهار زانو نشسته بودند، فرمودند: قل لن يصينا الا ما كتب الله لنا، همين جواب را دادند و فرمودند: هرچه خدا بخواهد همان خواهد شد. شما برويد كارتان را بكنيد و من آمدم و آن اعلاميه را چاپ و پخش كرديم كه آن جنجال بپاشد.
محرم در پيش بود، امام مرا خواستند و فرمودند: برويد وعاظ تهران و سران هيئتها را جمع كنيد تا در محرم امسال بتوانيم حداكثر بهره‌برداري را بكنيم. دستورالعملي هم در اين زمينه به من دادند. اعلاميه‌اي هم به من دادند كه در ماه محرم در دسته ها و سينه‌زنيها جنايات شاه و جريان فيضيه تشريح شود و ما حداكثر بهره‌برداري را از اين جريان بكنيم. ما آمديم و چند جلسه با وعاظ گرفتيم و خدا مي‌داند كه در تهران از دست روحانيون مخالف با امام چه كشيدم و چه درگيريها، با بعضي از اين علما داشتم. همان‌وقت براي اعلاميه انجمنهاي ايالتي و ولايتي، از صبح تا شب در خانه علما تك تك امضا گرفتم. صد و بيست امضا جمع شد و چاپ كردم. در آن موقع عجيب بود كه كسي بتواند اين همه امضا را جمع كند... به هر صورت آن سال برنامه‌ريزي كرديم و قرار گذاشتيم كه از ابتدا داغ نباشيم كه جلوي كار را بگيرند. آرام بياييم و شبهاي اول محرم را آرام برگزار كنيم تا در شبهاي هشتم و نهم و دهم بتوانيم حركت لازم را داشته باشيم.
سران هيئتها را جمع كرديم، من آن موقع در مسجد بني‌فاطمه صحبت مي‌كردم. آنها را آماده كرديم براي روزهاي تاسوعا و عاشورا. نوحه‌ها و اعلاميه‌ها و پيامهاي امام را نيز به شهرستانها فرستاديم. صبح روز هشتم محرم بود كه من به قم رفتم.... صبحانه را خدمت امام بودم و بعد گزارش تهران را خدمتشان دادم. امام در خانه‌شان روضه داشتند. بعد فرمودند: شما امروز به منبر برو و شروع كن من هم مي‌آيم. من منبر را به حول و قوة الهي شروع كردم و خيلي شديد، حمله رژيم به مدرسه فيضيه و تجاوزاتشان را برشمردم. جمعيت هم خيلي زياد بود. و اين برنامه كه بعد هم ادامه پيدا كرد، در آنجا صدا كرد. بعد از اين منبر امام فرمودند: من روز عاشورا مي‌خواهم به مدرسه فيضيه بروم، شما بياييد آنجا سخنراني كنيد. من صدايم گرفته بود و برنامه‌هاي تهران يك قسمت عمده‌اش دست من بود. به امام عرض كردم كه برنامه‌هاي تهران دست من است و آنجا لنگ مي‌ماند. امام فرمودند: پس يكي دو تا گوينده بفرستيد. سخنرانها را نام بردم و بالأخره ايشان موافقت كرد آقاي مرواريد و آقاي سيد غلامحسن شيرازي را بفرستيم تا در روز عاشورا صحبت كنند. من به امام عرض كردم: شما خودتان صحبت نفرماييد چون خيلي ناراحت هستيد و ممكن است مسائلي پيش بيايد. فرمودند: فعلاً كه قصد ندارم صحبت كنم و بعد دستورالعمل هايي هم دادند براي برنامة تاسوعا و عاشورا و من به تهران برگشتم و آن دو نفر آقايان را فرستادم و برنامه از روز تاسوعا شروع شد...
من با مرحوم شهيد مطهري شبها در خيابان پيروزي سخنراني داشتم و افسرهاي نيروي هوايي مي‌آمدند و منطقه حساسي بود. در خيابان هشت متري چادر زده بودند. مرحوم شهيد مطهري اول صحبت مي‌كرد. شب دوازدهم محرم مرحوم شهيد مطهري از منبر پايين آمد و من رفتم بالاي منبر. وسط راه ايشان را دستگير مي‌كنند. بچه‌هاي مسجد فهميده بودند و آمدند وسط منبر يادداشتي به من دادند كه: ايشان را دستگير كرده‌اند و شما كوتاه بياييد. من هم كاغذ را پاره كردم و حرفهايم را ادامه دادم. بچه‌ها كه مي‌دانستند پس از منبر، من را در راه مي‌گيرند، دو تا ماشين آماده كردند كه مرا فراري دهند.
من هر شب ساعت دوازده شب كه سخنراني‌ام تمام مي‌شد، پايين مي‌آمدم، يك مقداري مي‌نشستم بعد بلند مي‌شدم و مي‌رفتم. آن شب نگذاشتند كه من بنشينم، از لابلاي جمعيت مرا آوردند داخل ماشين. در آنجا يك ماشين هم از مأمورين بود كه بچه‌ها آن را شناخته بودند و راهش را سد كردند و ما آن شب فرار كرديم و آنها نتوانستند مرا بگيرند. صبح آمدند منزل كه من نبودم و همان‌طور مخفي بودم تا حدود يكي دو ماه. البته مكرر مي‌ريختند خانه ما و مراقب بودند تا مرا دستگير كنند. يادم است آن موقع من يك نامه به شريعتمداري نوشتم و فجايع اينها را براي ايشان گفتم... آن فردي كه نامه را براي او مي‌برد، دستگير شد و در قم كتكش زدند و گفتند فلاني كجاست و او جاي مرا نشان داده بود. خوشبختانه اول شب من استخاره كردم، بد آمد كه آنجا بمانم و من جايم را عوض كردم. سحر نظاميها در آن خانه ريختند كه من نبودم.»
پس از روبرو شدن رژيم شاه با مخالفت جمعي از روحانيون و علماي طراز اول حوزه علميه قم و سخنراني شديد‌اللحن امام خميني (ره) عليه تصميمات غلط رژيم، آنان در يك عكس‌العمل شتابزده در پانزده خرداد سال 42 به منزل امام (ره) يورش برده، ايشان را دستگير و به تهران منتقل نمودند. به موازات دستگيري امام (ره) بسياري ديگر از علما و فضلاي حوزه نيز دستگير شدند. يكي از كساني كه بايد دستگير مي‌شد، شهيد محلاتي بود كه توانسته بود از دست مأمورين رژيم بگريزد و پنهان شود. شاه و مشاوران داخلي و خارجي وي، تحت فشار افكار عمومي، سرانجام در تاريخ 11 خرداد 1343 اقدام به آزادي امام (ره) و انتقال ايشان به خانه‌اي كه متعلق به ساواك بود، نمودند. همزمان عده‌اي از روحانيون دستگير شده را نيز آزاد نموده و حساسيتها كمتر شد. شهيد محلاتي از فرصت به دست آمده استفاده نموده و در اولين فرصت خود را به امام (ره) رساند. ايشان در خاطرات خود مي‌گويد: « پس از دستگيري امام، برنامه‌اي تنظيم شد براي اينكه اينها نتوانند امام را محاكمه كنند، با قوانين آن موقع، چهار نفر از علما اجتهاد ايشان را گواهي كردند. با اينكه اجتهاد ايشان مسلم بود، به نظر بنده ايشان از همه اعلم بودند، در عين حال براي اينكه مدركي هم باشد، چهار نفر نوشتند. در آن زمان با اينكه من مخفي بودم، رفتم با آقاي ميلاني صحبت كردم. آقايان ميلاني، نجفي، محمد تقي آملي و شريعتمداري نوشتند. مأمورين رژيم تصميم گرفتند، برنامه‌اي تنظيم كنند كه شخصيت امام را تنزل دهند. لذا توطئه چيدند، دولت را عوض كردند و منصور را سركار آوردند. همه هم به امام گفتند: شما آزاديد و ايشان را به خانه‌اي در داووديه آوردند. آقاي قمي و مرحوم آيه‌الله محلاتي را هم آن موقع آزاد كردند. به مجرد اينكه امام وارد خانه شدند، من پس از يك ساعت خدمت ايشان رسيدم و سه روزي كه ايشان در داووديه بودند من در آنجا خدمت ايشان بودم.»
در تاريخ 18 فروردين ماه 1343 مقاله‌اي تحت عنوان « اتحاد مقدس به خاطر هدفي مقدس» از طرف ساواك تدوين و در روزنامه اطلاعات انتشار يافت. در اين مقاله به دروغ از همگامي جامعه روحانيت با برنامه‌هاي انقلاب شاه و مردم خبر داد تا مخالفت روحانيت را با برنامه‌هاي شاه پايان يافته اعلام كند. در واقع رژيم قصد داشت به اين ترتيب، اذهان مردم را نسبت به روحانيت و رهبر بزرگ آن مشوب سازد.
امام‌خميني (ره) آن گاه كه از انتشار اين مقاله مطلع شد به شدت در صدد تكذيب آن برآمد و در اين راستا مأموريتي به شهيد محلاتي داد. ايشان در خاطراتش چنين مي‌گويد:
« يكي از خواسته‌ها اين بود كه اين خبر روزنامه را بايد تكذيب كنيد، فرداي آن روز امام مرا خواستند. فرمودند: برو تهران پيش دكتر صدر- وزير كشور- چون مي‌دانست دكتر صدر همشهري ماست و من او را مي‌شناسم؛ و به او بگو اگر اين مطلب روزنامه را تكذيب نكنيد، هرچه ديده‌ايد از چشم خودتان ديده‌ايد. من رفتم و با دكتر صدر در وزارت كشور ملاقات كردم و پيام امام را رساندم. اين مردك جواب داد كه من چند روز پيش اروپا بودم، من ديدم كه آنجا در كليساها كشيشها آزادند، صحبت مي‌كند، مردم را هدايت مي‌كنند، دولت هم به كار خود مشغول است. خلاصه اينكه دين از سياست جداست. آقايان مشغول كار خودشان باشند، ما هم مشغول كار خودمان باشيم. گفت: من قول نمي‌دهم. بعد از آن گفت كه من به نخست‌وزير و ساواك مي‌گويم. بعد هم حاضر نشدند، تكذيب كنند. پس از مدتي، دكتر صدر خودش به قم آمد و با امام ملاقات كرد و در اين ملاقات، امام حرفهايش را به خود دكتر صدر گفت، تا اينكه منجر شد به اينكه خود امام در اولين جلسه درسشان، آن نطق تاريخي را فرمودند كه ما هماني هستيم كه بوديم و هيچ‌كس حق سازش ندارد. حتي فرمودند: خميني اگر سازش كرد اين ملت خميني را هم بيرون مي‌كند... و مبارزه دو مرتبه شروع شد. البته مزاحمتها بود و هر كس اعلاميه پخش مي‌كرد، مي‌گرفتند و بعضيها را تبعيد مي كردند. همان‌طور مبارزه ادامه داشت تا قضيه كاپيتولاسيون پيش آمد.»
لايحه مصونيت مستشاران و ديگر اتباع آمريكا در ايران در مهر ماه 1343 در مجلس شوراي ملي به تصويب رسيد. به موجب اين لايحه مستشاران و اتباع آمريكايي كه در استخدام دولت مي‌باشند از مصونيتها و معافيتهاي ويژه‌اي برخوردار مي‌باشند. خبر تصويب اين لايحه امام خميني (ره) را سخت آشفته و منقلب نمود. فعاليتهاي امام (ره) در مخالفت با اين لايحه منجر به دستگيري و تبعيد ايشان به تركيه گرديد. اين اقدام رژيم با واكنش شديد مردم و محافل روحاني روبرو گرديد. ساواك در فرداي دستگيري امام (ره) به سراغ شهيد محلاتي رفته و ايشان را احضار نمود:
« فردا صبح سرهنگ مولوي مرا به ساواك احضار كرد و دو ساعت نگه داشت و بعد رها كرد... در اين دو ساعت، مولوي گفتگوهايي با من داشت و اهانت زيادي به امام كرد. او گفت: من تو را خواستم براي اينكه به تو اطلاع دهم- حالا من تعبيري كه او به كار برد مي‌گويم- كه خميني مرد! دفنش هم كرديم! سنگش را هم انداختيم! ديگر نامي از خميني در دنيا نخواهد بود! حالا به تو مي‌گويم از اين پس اگر نفست در بيايد و اگر برنامه‌هايت را ادامه دهي و سر و صدا كني، ريزريزت مي‌كنم، ناخنهايت را مي‌كشم! تكه تكه‌ات مي‌كنم! خلاصه يك مقدار اهانت كرد به امام و يك مقدار فحاشي كرد به من و بعد گفت: حالا برو و هر كاري مي‌خواهي بكن. بعد آمد در را باز كرد و من را از اتاق پرت كرد بيرون و صدا زد اين را بيرونش كنيد.»
شهيد محلاتي پس از تبعيد امام بلافاصله دست به كار شده و در اولين اقدام به همراه ساير مبارزين، زمينه تعطيلي بازار را فراهم نمودند. در ادامه با ايراد سخنرانيهاي افشاگرانه و كوبنده به تبعيد امام (ره) اعتراض و آن را محكوم نمود. به همين علت در تاريخ 28/9/43 دستگير و روانه زندان شد:
« نامبرده بالا در تاريخ 28/9/43 مطابق با نيمه شعبان سال جاري ضمن بحث و سخنراني در مسجد صاحب‌الزمان مقابل پپسي كولا از اقدامات اخير دولت در مورد تبعيد آيت‌الله خميني تنقيد و در پايان وعظ مبادرت به دعا و فرستادن صلوات براي خميني نموده كه سرانجام توسط مأمورين انتظامي دستگير و در تاريخ 29/9/43 به ساواك اعزام گرديده است. سپس با صدور قرار قانوني توسط بازپرسي شعبه 7 دادستاني ارتش در زندان قزل قلعه تحت بازداشت قرار گرفته. متهم پس از رؤيت قرار نسبت به آن معترض بوده و پرونده امر جهت رسيدگي‌هاي قانوني به اداره دادرسي ارتش ارسال و در نتيجه دادگاه عادي شماره 3 اداره دادرسي ارتش قرار صادره را مبني بر بازداشت متهم وارد دانسته و آن را تأييد نموده است.»
در تاريخ 14/10/43 قرار بازداشت شهيد محلاتي به قرار التزام عدم خروج از حوزه قضايي تهران تبديل و ايشان آزاد گرديد.
شهيد محلاتي ده روز پس از آزادي، مجدداً توسط مأموران كلانتري 14 تهران دستگير و زنداني مي‌شود. ايشان در خصوص علت دستگيري چنين مي‌گويد:
« يادم هست كه منصور، دستور داده بود كه از نظر اقتصادي كارمندهاي دولت مراقبت كنند و كاغذ زياد مصرف نكنند. من در همان جلسه اين موضوع را مطرح كردم و خيلي شديد انتقاد كردم و گفتم اگر مي‌خواهيد كه جلوي اسرافها را بگيريد، جلوي اسرافهاي دربار و بالاتر را بگيريد. براي يك مهماني سيصد هزار تومان گل مصرف شده، جلوي اين كارها را بگيريد و فتوايي از امام نقل كردم براي كمك به مردم فقير و بيچاره در زمستان و اجازه دادن امام براي استفاده از سهم امام براي ذغال زمستان فقرا، مأموران در همان وسط سخنراني اين مطلب را گزارش كردند و بعد پليس آمد و محل جلسه را- كه خانه‌اي نزديك مسجد لرزاده بود- محاصره و مرا دستگير كردند.»
در گزارش ساواك در اين خصوص چنين آمده است:
« برابر محتويات پرونده نامبرده در تاريخ 26/10/43 در منزل قاسم فروزنده لحاف‌دوز كه جلسه سيار هيئت انفاقيون تشكيل شده بود، سخنراني بوده و ضمنا مطالبي برخلاف مصالح عمومي بيان داشته، به همين جهت از طرف مأمورين انتظامي دستگير و پس از تحويل به ساواك با صدور قرار قانوني توسط بازپرسي شعبه 7 دادستاني ارتش در زندان قزل قلعه تحت بازداشت قرار گرفت. متهم پس از رؤيت قرار نسبت به آن معترض شده و پرونده امر جهت رسيدگي‌هاي قانوني به اداره دادرسي ارتش ارسال و سرانجام دادگاه عادي شماره 2 اداره دادرسي ارتش اعتراض نامبرده را به قرار بازداشت صادره وارد ندانسته و نظريه بازپرس شعبه 7 دادستاني ارتش را داير بازداشت موقت متهم تأييد نمود.»
شهيد محلاتي بنا به حكم اداره دادرسي ارتش به شش ماه حبس محكوم شد كه پس از طي دوران محكوميت آزاد گرديد.
رژيم شاه هر ساله به بهانه‌هاي مختلف اقدام به برپايي جشنهايي با هزينه‌هاي سرسام‌آور مي‌نمود. زادروز شاه در چهارم آبان، سالگرد انقلاب سفيد در ششم بهمن، آزادي زن در هفده دي، دفع خطر از وجود شاه در پانزدهم بهمن و جشنهاي مختلف ديگر كه از آن جمله جشن تاجگذاري شاه و ملكه بود كه در سال 46 برپا نمود.
اسناد موجود در ساواك حاكي از مخالفت شهيد محلاتي و جمعي از روحانيون با برپايي اين جشن مي‌باشد:
« برابر سوابق موجود نامبرده بالا از روحانيون ناراحتي و طرفدار جدي خميني و داراي چندين فقره سابقه بازداشت مي‌باشد و در يك مصاحبه خصوصي در تاريخ 28/7/46 اظهار داشته: چون شنيده شده در روز تاجگذاري مي‌خواهند در مساجد اذان بگويند از اين رو با عده‌اي از امامان جماعت مساجد تهران تماس گرفته و از آنها قول گرفته كه در روز مزبور از گفتن اذان در مسجد خودداري نمايند كه به همين منظور و همچنين به علت مظنونيت و جلوگيري از هرگونه پيش آمد احتمالي از جانب وي در تاريخ 3/8/46 دستگير و تحويل زندان قزل قلعه گرديده كه پس از انجام مراسم مزبور با اخذ تعهد آزاد شده. ضمناً با بررسي مدارك مكشوفه از منزل خميني معلوم گرديد نامبرده بالا نامه‌اي جهت وي به قم ارسال نموده كه مفاد نامه مزبور علاوه بر تاييد ارتباط وي با خميني، روشن مي‌نمايد كه در گذشته اعلاميه‌هاي منتشره خميني در تهران به وسيله ياد شده چاپ و توزيع گرديده است.»
در حالي كه اكثريت ملت ايران در فقر و محروميت به سر مي‌برند و در زماني كه هر صداي حق‌طلبي در گلو خفه مي‌شد و زندانهاي ايران، انباشته از روحانيون خداجو و ديگر مبارزان راه حق و حقيقت بود، رژيم شاه در تدارك برگزاري عظيم‌ترين و پرخرج‌ترين مراسم، يعني «جشنهاي دوهزار و پانصد ساله شاهنشاهي» در مهر ماه سال 1350 بود. اين تصميم با واكنش بيشتر محافل سياسي، اجتماعي روبرو شده و هر يك به گونه‌اي زبان به اعتراض گشودند. روحانيون مبارز نيز با برگزاري جلسات و ايراد سخنراني در محافل مذهبي نسبت به اين تصميم رژيم اعتراض و آن را محكوم نمودند. ساواك در يكي از گزارشهاي خود در تاريخ 3/6/50 تحت عنوان وعاظ افراطي چنين مي‌نويسد:
« برابر گزارشات واصله شش نفر از وعاظ افراطي طرفدار خميني به اسامي شيخ جعفر جوادي شجوني فومني، نجم‌الدين اعتماد زاده، امام جماراني، علي اصغر مرواريد، فضل‌الله مهديزاده محلاتي، علي اكبر هاشمي رفسنجاني در نظر دارند، با تشكيل جلساتي در زمينه مخالفت با برگزاري جشن دو هزار و پانصدمين سال بنيانگذاري شاهنشاهي ايران تصميماتي اتخاذ و فعاليتهاي مضره‌اي را از طريق ايراد سخنراني در بالاي منابر و همچين تهيه و توزيع اعلاميه بنمايند. خواهشمند است دستور فرماييد نامبردگان احضار و به آنها تفهيم گردد چنانچه به اعمال تحريك‌آميز خود ادامه دهند، تحت تعقيب قرار خواهند گرفت. ضمناً از اعمال و رفتار مشاراليهم دقيقاً مراقبت و نتيجه اقدامات معموله را به آگاهي اين اداره كل برساند.»
بر مبناي اين گزارش و ساير گزارشهاي ديگر ساواك تهران در تاريخ 23/6/50 اقدام به دستگيري و بازرسي منزل شهيد محلاتي نمود. وي در اين باره مي‌گويد:
« در جشنهاي شاهنشاهي كه مي‌خواستند برگزار كنند، آمدند سراغ من و منبر افراد زيادي را ممنوع كردند. براي اين كه در آن موقع مي‌خواستند صداي كسي در نيايد. البته من يك ضربه تاريخي به اينها زدم... به علت اين اقدام ريختند توي خانه من و زندگي مرا تفتيش و بررسي كردند، يك مقداري مرا نگه داشتند، بعد از من تعهد گرفتند كه از تهران حق خارج شدن ندارم، مگر با اجازه دستگاه سازمان امنيت. جشنهايشان تمام شد، با آن رسوايي و آبروريزي.»
شهيد محلاتي به همراه جمعي از روحانيون اقدام به تشكيل جلسات هفتگي در منازل نموده بودند. افراد شركت‌كننده در اين جلسات، روحانيون مبارزي بودند كه اكثريت آنها تحت تعقيب ساواك بودند. مبادله اخبار و اطلاعات، اتخاذ تصميمات مقتضي جهت مقابله با اقدامات ناصواب رژيم، كمك به خانواده زندانيان در بند، تهيه، چاپ و انتشار اعلاميه و... از موضوعاتي بود كه در اين جلسات مطرح مي‌شد. در همين رابطه ساواك در تاريخ 2/3/51 اقدام به دستگيري شهيد محلاتي نمود. در گردش كار تهيه شده توسط ساواك چنين آمده:
« اطلاع رسيده حاكي بود كه عده‌اي از وعاظ افراطي و مخالف در تهران مبادرت به اظهار مطالب خلاف مصالح مملكتي در محافل عمومي مي‌نمايند و بعضاً نيز جلساتي تشكيل و ضمن انتقاد از وضع موجود كشور و تبليغ به نفع روحانيون افراطي از محكومين سازمان آزادي بخش ايران وابسته به جمعيت به اصطلاح نهضت آزادي طرفداري و خانواده محكومين را تحريك به تحصن در منازل بعضي از آيات مي‌نمايند. متهم مورد بحث نيز جزو اين عده در اين زمينه فعاليت داشته لذا به اتهام اقدام عليه امنيت كشور بازداشت و برابر قرار تأمين مورخ 3/3/51 زنداني و قرار صادره به رؤيت متهم رسيده و بدان اعتراضي ننموده است.»
نزديك به يك ماه بعد بنا به حكم شعبه 7 بازپرسي دادستاني ارتش قرار بازداشت شهيد محلاتي به قرار التزام عدم خروج از حوزه قضايي تهران تبديل و ايشان آزاد شد. اما اين آزادي دوام چنداني نداشت، مجدداً ساواك در تاريخ 26/10/51 اقدام به بازداشت ايشان نمود. ساواك علت دستگيري را چنين بيان داشت:
« برابر اطلاع رسيده عده‌اي از روحانيون از جمله نامبرده از وجوهات جمع‌آوري شده، بابت سهم امام به افراد گروه به اصطلاح مجاهدين خلق كمك مي‌نمايند. بر اساس اين اطلاعات مشاراليه طبق قرار مورخه 28/10/51 بازپرس شعبه 12 دادستاني ارتش بازداشت گرديد.»
مأموران ساواك نزديك به يك ماه شهيد محلاتي را تحت شديدترين شكنجه‌ها و اعمال غيرانساني قرار دادند. تشكيل جلسات مختلف بازجويي در زندان شهرباني، ضرب و شتم و فحاشي، حبس در زندان انفرادي و استفاده از تمامي شيوه‌هي معمول در ساواك جهت گرفتن اعتراف و به زانو در آوردن شهيد محلاتي به كار بسته شد ولي ايشان با عزمي جزم و اعتقادي عميق، همه اين مصائب را تحمل نموده و سرانجام در تاريخ 19/11/51 آزاد گرديد:
«اطلاع واصله از ساواك حاكي از آن بود كه عده‌اي از نمايندگان خميني از جمله نامبرده بالا وجوهاتي بابت سهم امام جهت خميني جمع‌آوري مي‌نمايند كه قسمتي ازا اين پولها به نحوي از انحاء، از اختيار گروه به اصطلاح مجاهدين خلق قرار مي‌گيرد، به همين مناسبت در تاريخ 26/10/51 مشاراليه دستگير و در تحقيقات معموله ضمن تكذيب هرگونه ارتباط با عناصر خرابكار و كمك به آنها جمع‌آوري پول جهت خميني را تأييد نموده است.
با توجه به اينكه دلائل لازم حاكي از ارتباط مشاراليه با اعضاي گروه به اصطلاح مجاهدين خلق به دست نيامده نامبرده در تاريخ 19/11/51 با تبديل قرار مرخص گرديد.»
شهيد محلاتي طي دوران مبارزه، مدتهاي مديدي را ممنوع‌المنبر بود و غالباً نام ايشان در ليست وعاظ ممنوع‌المنبر ديده مي‌شد. اما ايشان با ناديده گرفتن اينمطلب در مواقع مقتضي با ايراد سخنراني در مساجد و هيئات مذهبي به روشنگري پرداخته و موجبات نارضايتي رژيم را فراهم مي‌آورد.
اين امر در آستانه انقلاب اسلامي شدت يافته و ايشان بدون در نظر گرفتن تمامي اين دستورالعملها در مساجد مختلف به منبر رفته، مردم را جهت شركت در مبارزه تحريض مي‌نمود. بر اين اساس كميته مشترك ضدخرابكاري رژيم در خرداد 57 ايشان را دستگير نمود. در گزارش بازجوي ايشان چنين مي‌خوانيم:
« گزارشات رسيده حاكي بود كه نامبرده با اينكه ممنوع‌المنبر مي‌باشد در مجالس و در منزل محمد تقي فلسفي مطالبي تحريك‌آميز و خلاف مصالح كشور بيان مي‌دارد.
بر اين اساس شناسايي و دستگير و با صدور قرار تأمين روز 7/3/37 شعبه يك بازپرسي دادستاني ارتش بازداشت و قرار صادره به رؤيت وي رسيده و به آن اعتراضي ننموده است و چون رسيدگي به پرونده نامبرده مدتي به طول مي‌انجامد و از طري از وي رفع بيم تباني به عمل آمده بود لذا مراتب به دادستاني ارتش اعلام و سرانجام قرار بازداشت وي به قرار التزام عدم خروج از حوزه قضايي تهران به قيد وجه التزام مبلغ يكصد هزار ريال تبديل و روز 27/3/37 از زندان آزاد گرديد.»
شهادت آيه‌الله حاج آقا مصطفي خميني در آبان 56، نقطه عطفي در تاريخ مبارزات ملت ستمديده ايران است. از اين تاريخ به بعد آتش قيام هر روز شعله‌ورتر گرديد. فعاليت مبارزين علني و مردم به صورت عمومي وارد صحنه شدند. مراسم شهدا پي در پي برگزار و هر چهلم، چهلم ديگري را به دنبال داشت. تظاهرات و راهپيمايي غالب شهر را فراگرفته بود. در اين بين فعاليت روحانيت بيش از پيش شده و صحنه‌گردانان اصلي روحانيوني بودند كه از زندانها آزاد شده بودند. شهيد محلاتي نيز همچون گذشته در صف اول مبارزه قرار داشته و تمامي همت و تلاش خود را براي ضربه‌زدن به پيكر زخم‌خورده رژيم به كار بست. با شهادت دوست ديرينه خود آيه‌الله حاج آقا مصطفي خميني (ره) اقدام به برپايي مجالس فاتحه در قم و تهران نمود. در اين مجالس گويندگان مذهبي به تجليل از مقام علمي و معنوي فرزند امام پرداخته و پيرامون شهادت ايشان از رژيم شاه توضيح خواستند. شهيد محلاتي پيامهاي امام را از طريق تلفن يا پيك دريافت و پس از چاپ آن را منتشر مي‌نمود. وي از عوامل اصلي برپايي راهپيمايي عظيم روز عيد فطر، شانزده شهريور و روزهاي تاسوعا و عاشورا بود. پس از فاجعه هفده شهريور 57 از سوي ساواك تحت تعقيب قرار گرفت و مدتها مخفي بود. در مناسبتهاي مختلف اقدام به تهيه اعلاميه و گرفتن امضا از علما و فضلا مي‌نمود. جامعه روحانيت مبارز را در سال 56 با كمك جمعي از علما و فضلاي مبارز تأسيس نمود. در راه‌اندازي، پشتيباني و حمايت از اعتصابات نقشي به سزا داشت. از كارگردانان اصلي تحصن علما در دانشگاه تهران بود. به همراه شهيد مطهري و شهيد مفتح از سوي جامعه روحانيت مبارز به عنوان مسئولان كميته استقبال از حضرت امام، انتخاب و در انجام اين مسئوليت تلاشي طاقت‌فرسا و چشمگير نمود.
حضرت آيه‌الله خامنه اي در مصاحبه‌اي به دو ويژگي برجسته شهيد محلاتي اشاره نموده كه آن را حسن ختام اين بخش از مقدمه قرار مي‌دهيم:
« من تا كنون هيچ فردي را نديدم كه در مبارزات عمومي اين جور سازش‌ناپذير و خستگي‌ناپذير باشد. در كار جمعي زود آشنا و زود آشتي و سهل‌المؤونه باشد. واقعاً مثل ايشان با اين خصوصيات كسي را نديدم. البته كساني هستند كه با يك فشار تسليم مي‌شوند، ولي ايشن در مقابل فشار دشمن واقعاً تسليم نمي‌شد، بارها زندان افتاده بود، به نظرم 10 الي 15 مرتبه در طول دوران مبارزه زندان رفته بود، دستگير شده بود. شما مي‌دانيد تعداد بازداشت مهم است يعني اگر كسي يك بار زندان بيافتد و مثلاً ده سال در زندان بماند اين فقط يك بار بازداشت شده اما اگر كسي در اين ده سال، پنج بار بازداشت شود هر بار يك رنج خاص خودش را و يك مرحله و عقبه خاص خودش را بايد بگذراند. در حالي كه اگر كسي يك بار بازداشت شود فقط يك عقبه خواهد داشت.
شايد هر كسي حاضر نباشد راحتي خودش را، زندگي ارام معمولي خودش را به خاطر اهداف و آرمانهايي كه بايد براي آن مبارزه كرد از دست بدهد ولي ايشان از جمله افرادي بود كه به راحتي زندگي را، آسايش را، درآمد را و از همه مهمتر، عنوان را نثار مبارزه كرد. وي حتي حاضر بود از آبروي خودش نيز مايه بگذارد.»
تبعيدها، تعقيبها، زندانها، بازجوييها، بازرسي‌ها، شكنجه‌ها و ممنوعيتها و احضارهاي مجدد ياران امام (ره) در بهمن‌ماه 57 به بار نشسته و ثمره اين شجره طيبه آشكار شد. عقربه هاي ساعت، شش و ربع بعد از ظهر 22 بهمن را نشان مي‌داد. ناگهان صدايي ناآشنا از وراي راديوها به گوش رسيد:
« بسم‌الله الرحمن الرحيم، اين صداي انقلاب اسلامي ايران است...»
گوينده اين جملات كسي نبود جز مجاهد خستگي‌ناپذير شهيد آيه‌الله فضل‌الله محلاتي كه توانسته بود به همراه مردم خود را به يكي از ايستگاه‌هاي راديويي برساند.
با پيروزي انقلاب اسلامي شهيد محلاتي همچنان در بطن حوادث و جريانات مهمي كه تداوم انقلاب اسلامي در گرو آن بود، قرار داشت. هرجا احتمال مي‌داد كاري بر زمين مانده است در آنجا حضور يافته، با تلاشي بي‌امان و خستگي‌ناپذير خود به اصلاح امور مي‌پرداخت. رهبر انقلاب اسلامي حضرت آيه‌الله خامنه‌اي در خصوص فعاليتهاي پس از انقلاب ايشان مي‌فرمايد:
« در اولين لحظات پيروزي انقلاب بلكه پيش از آمدن امام به تهران، مرحوم محلاتي جزو عناصر اول در برنامه‌ها بود. در كميته استقبال به خاطر همين تلاشها و كارها، فعاليتش حيرت‌آور بود. در رفت و آمدهايي كه انجام مي‌گرفت همه جا در مركز و در محور تلاش و فعاليت قرار داشت. البته ممكن بود در مواردي در محور تصميم‌گيري نباشد اما اين مسئله او را به هيچ‌وجه دلسرد نمي كرد... شهيد محلاتي حتي به ذهنش هم خطور نمي‌كرد اگر در محور تصميم‌گيري نيست بايد از تلاش و عمل چيزي كم بگذارد. گاهي مسئوليتي را به عهده مي‌گرفت و كارهايي را انجام مي‌داد كه از كمتر كسي آن كارها برمي‌آمد.»
شهيد محلاتي پس از پيروزي انقلاب اسلامي مسئوليتهاي مختلفي را به عهده داشت. در اين بخش از كتاب ضمن برشمردن عناوين اهم اين مسئلويتها به نقل بخشي از خاطرات شهيد محلاتي در ذيل برخي از آنها مي‌پردازيم:
« شهيد مطهري كارها را تقسيم مي‌كرد و هميشه سعي ايشان اين بود كه كارها را به دست افراد متعهد و مسئول بدهد كه انحرافي نداشته باشند. يك حكمي از امام گرفت براي آيه‌الله مهدوي كني براي اينكه كميته ها را تشكيل بدهد و اينهايي را كه مسلح هستند، جمع‌آوري و انتظامات شهر را حفظ كند. امام هم حكمي مرقوم فرمودند كه با همكاري عده‌اي از روحانيون اين كار انجام گيرد كه من هم چون به آيت‌الله مهدوي ارادت داشته و دارم با ايشان همكاري مي‌كردم و مدتها معاون ايشان بودم و كمك مي‌كردم براي تشكيل كميته.»
گزارشي رسيد خدمت امام، امام فرمودند:
«برويد اين صندوق را بگيريد و كمك به مستضعفين بكنيد، برويد به اصناف ضعيف كه اين همه صدمه خورند كمك كنيد» و حكمي به بنده مرحمت كردند، كه به همراه برادرمان آقاي عسگر اولادي و حاجي لباني برويم اين صندوق را بگيريم. رفتيم اين صندوق را گرفتيم. سه ميليون تومان بودجه داشت، ديديم با اين پول نمي‌توانيم به اصناف كمك كنيم و ديديم اين پول خيلي كم است... گزارش خدمت امام دادم. امام توصيه فرمودند: «صد ميليون تومان دولت وام بدهد به اين صندوق براي كمك به اصناف.»
همزمان با برگزاري انتخابات اولين دوره مجلس شوراي اسلامي، بنا به درخواست مردم شهرستان محلات شهيد محلاتي كانديداي نمايندگي مجلس شوراي اسلامي از اين شهرستان شد. عليرغم فضاي سياسي نامناسب آن دوران و وجود گروههاي مختلف، ايشان توانست با كسب بيش از 93 درصد آرا به مجلس شوراي اسلامي راه پيدا كند. در مجلس با عضويت در كميسيون امور دفاعي، نقش فعال و برجسته‌اي را ايفا نمود. از جمله اقدامات ارزنده و ماندگار ايشان تلاش جهت تصويب طرح اساسنامه سپاه پاسداران انقلاب اسلامي بود.
در خرداد ماه سال 1359 طي حكمي از سوي امام‌خميني (ره) به نمايندگي ايشان در سپاه منصوب شد. در ابتدا به جهت وضعيتي كه در آن روزها وجود داشت، به نظر مي‌رسيد كه ايشان در انجام اين مسوليت موفقيتي به دست نياورد. بني‌صدر رسماً از طرف امام فرمانده نيروهاي مسلح بود، طبعاً فرمانده سپاه هم محسوب مي‌شد. ولي فرماندهي سپاه با عناصري بود كه بني‌صدر را اصلاً قبول نمي‌كردند. شهيد محلاتي مي‌بايست بين اين دو در يك نقش هماهنگ‌كننده را ايفا كند و اين كار بسيار مشكل و غيرعملي به نظر مي‌رسيد ولي ايشان موفق شد. با آنكه چه از طرف عناصر انقلابي و چه از طرف دستگاه بني‌صدر مورد اهانت و بي‌توجهي قرار مي‌گرفت. شهيد محلاتي با توجه به اين اوضاع به سپاه رفت و با يك اتاق كوچك در مركز سپاه كارش را شروع كرد و آرام آرام پيش رفت.
شهيد محلاتي در دوران جنگ تحميلي مرتباً بين تهران و جبهه رفت و آمد داشت و شايد كمتر كسي را بتوان از ميان روحانيون پيدا كرد كه به اندازه ايشان به جبهه رفته باشد. در هنگام بيشتر عملياتها در جبهه حضور داشت. با رفتن به خطوط مقدم جبهه رزمندگان اسلام را دلگرم مي‌نمود. هرگاه به ايشان گوشزد مي‌شد كه امام حضور مسئولان عالي‌رتبه نظام را در خطوط مقدم ممنوع نموده است، مي‌فرمود: من با ديگران فرق دارم. من نماينده امام در سپاه هستم و بايد به خط مقدم بروم و به جوانان، مردم و رزمنده‌ها روحيه بدهم. هنگامي كه از ايشان دعوت كرده بودند كه به حج برود، فرموده بود: الان منا و عرفات و صفا بيابانهاي جبهه است. بچه‌هاي مردم مثل گل پرپر مي‌شوند، چرا بروم مكه، اينجا ثوابش بيشتر است. پس از شهادت شهيد مطهري خيلي گريه مي‌كرد و اظهار مي‌داشت ما سعادت نداريم، كاش ما هم به شهادت مي‌رسيديم، آقاي مطهري از همه موفق‌تر بود و زودتر شهيد شد. از آنجا كه هميشه محاسنش را خضاب مي‌نمود، يك بار كه به علت فاصله‌افتادن، سفيدي محاسنش نمايان شده بود، دوستانش به مزاح به ايشان گفتند: حاج‌آقا كم كم پيري‌ات از آن زير پيدا شده است. بهتر است محاسنت را خضاب كني. در جواب فرمودند: دعا كنيد كه محاسن من به خون سرم خضاب شود و اين چنين شد. اول اسفند 1364، ساعت 12:30 دقيقه شهر، هواپيماي «فرندشيب» متعلق به شركت هواپيمايي آسمان هگامي كه از تهران به مقصد اهواز در حركت بود، در آسمان اهواز هدف دو موشك هوا به هواي جنگنده‌هاي عراقي قرار گرفت و در منطقه «وين» در 25 كيلومتري شمال اهواز سرنگون شد. در اين وقعه دلخراش شهيد محلاتي به همراه بيش از چهل نفر از روحانيون، نمايندگان مجلس و مسئولان فرهنگي كشور به شهادت رسيدند. امام خميني (ره) در پيامي خطاب به ملت ايران به تجليل از مقام شامخ شهيدان به ويژه شهيد محلاتي پرداختند:
« حجه‌الاسلام حاج شيخ‌فضل‌الله محلاتي شهيد عزيز را كه من و شما او را مي‌شناسيم كه عمر خود را در راه انقلاب صرف كرد و بايد گفت يكي از چهره‌هاي درخشان انقلاب بود و در اين راه كه راه خداوند است، تحمل سختيها نمود و رنجها كشيد و با قامت استوار ايستادگي كرد، اجازه ورود در محضر شهداي صدراسلام مرحمت نمايد...»
در جايي ديگر امام خميني (ره) در گرامي‌داشت مقام ايشان فرمودند:
« با ياد و گرامي‌داشت خاطره فداكاريهاي يكي از سرداران بزرگ نهضت اسلامي ايران، مرحوم شهيد حجه‌الاسلام آقاي حاج شيخ فضل‌الله محلاتي، كه از ياران باوفاي اينجانب و از سختي كشيدگان دوران مبارزات خونبار انقلاب اسلامي ايران همچنين مردي صالح و فداكار و برادري دلسوز براي پايداران عزيز انقلاب اسلامي بود كه خدايش رحمت كند و در جوار خود پذيرايش گردد...»
منبع:نرم افزار توليد شده درمورد شهيد توسط کنگره ي شهداي روحاني قم
شهيدمحلاتي ازنگاه امام(ره)
«حجت‌الاسلام حاج شيخ فضل‌الله محلاتي، شهيد عزيز را كه من و شما او را مي‌شناسيم، عمر خود را در راه اسلام و انقلاب صرف كرد و بايد گفت از چهره‌هاي درخشان انقلاب بود و در اين راه كه راه خداوند است، تحمل سختيها نمود و رنجها كشيد و با قامت استوار ايستادگي كرد.»
پيام امام (ره)در باره شهادت حجت الاسلام محلاتي
پيام امام به مناسبت شهادت مسافران هواپيماي مسافري آسمان
بسم الله الرحمن الرحيم
انالله و انا اليه راجعون
جنايتکاران عفلقي که در جنگ جبهه ها و به ويژه جبهه فاو خود را عاجز مي بينند و سراسيمه به هر دري مي زنند براي نجات خود به هر حشيشي متوسل مي شوند به جنايت مفتضحانه ديگري دست زدند که آبروي نداشته آنان را در مجامع جهان آزاد برباد داد و آن فاجعه هوايي اخير بو
